YKAN berperan aktif membantu merancang dan menetapkan Kawasan Konservasi Perairan Laut Sawu. YKAN ikut andil dalam melakukan kajian awal terkait perancangan model finansial dan rencana pengelolaan KKP bersama Tim PPKKL Sawu, sampai akhirnya ditetapkan sebagai Kawasan Konservasi Perairan Laut Sawu dengan luasan 3,5 Juta hektare pada 2014. Untuk memastikan efektivitas pengelolaan wilayah konservasi ini, YKAN mendampingi Dinas Kelautan Perikanan Provinsi Nusa Tenggara Timur menyusun Kajian Lingkungan Hidup Strategis serta mengawali penyusunan RZWP3K. YKAN memfasilitasi bimbingan teknis dalam bentuk pelatihan penyusunan RZWP3K, identifikasi isu-isu strategis, pengumpulan dan pengolahan data guna melengkapi dokumen persyaratan sesuai pedoman PERMEN-KP No. 23 tahun 2016, serta sinkronisasi desain jejaring kawasan perairan yang tangguh di NTT. Rancangan zonasi ini telah disepakati dengan menimbang kepentingan konservasi dan pembangunan untuk kesejahteraan masyarakat lokal.
Dalam prosesnya, YKAN melakukan Monitoring Pemanfaatan Sumber Daya Laut, kajian ekologi cepat terkait setasea dan terumbu karang, serta monitoring lokasi peneluran penyu untuk mendidentifikasi habitat penting dan potensi alam yang perlu dilindungi di Laut Sawu.
Selain itu, YKAN juga mengupayakan pemanfaatan berkelanjutan, khususnya untuk wilayah padang lamun sebagai lokasi budi daya rumput laut berkelanjutan dan meningkatkan pengawasan kawasan melalui penguatan kapasitas lembaga adat Manaholo dalam menerapkan kearifan lokal Papadak Hoholok di wilayah pesisir.
