Kabupaten Raja Ampat meliputi 4 hektare daerah daratan dan laut, serta disebut sebagai pusat keanekaragaman hayati karang dunia. YKAN membantu pemerintah lokal merancang rencana pengelolaan dan zonasi untuk dua Kawasan Konservasi Perairan Daerah (KKPD) di Raja Ampat, yaitu Kofiau dan Misool, yang resmi berdiri pada bulan Desember 2006.
Kawasan Konservasi Perairan
Memiliki keanekaragaman sumber daya alam yang tinggi berupa terumbu karang, mangrove, dan rumput laut. Wilayah ini terletak di pusat kekayaan terumbu karang dunia yang dikenal dengan sebutan Segitiga Karang Dunia.
YKAN bersama pemerintah, masyarakat, dan LSM mengupayakan terbentuknya KKPD di Raja Ampat mandiri dan mampu membiayai pengelolaannya sendiri. Hingga saat ini, Raja Ampat masih menjadi satu-satunya KKP di mana unit pengelolanya (UPTD) dijalankan menggunakan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (BLUD). Informasi terkait seluruh proses dan dinamika yang terjadi dalam pembentukan UPTD-BLUD Raja Ampat dapat dibaca pada Dokumen Proses dan Pembelajaran Pembentukan KKPD Raja Ampat dan Pembentukan BLUD UPTD KKPD Raja Ampat (2015).
YKAN saat ini juga turut membantu penyusunan kajian dan dokumen Perencanaan Pengelolaan dan Zonasi Kawasan Konservasi Perairan baru di bentang laut kepala burung, fasilitasi proses koordinasi dalam pemindahan kewenangan pengelolaan dari pemerintah kabupaten ke tingkat provinsi, serta penyusunan draf dan proses legalisasi untuk regulasi yang mengatur pengelolaan KKP oleh UPTD di Raja Ampat.
